Существует утилита для VarScan. Она предназначена для извлечения списка мутаций, гаплотипа, вставок-удалений по геномным данным. Утилита включает в себя несколько объектов на языке Java. По исходным текстам на Java написать аналогичные приложения на python. Создать утилиту на Python для определения копийности...